Après des études secondaires à Montpellier où il suit l’enseignement du grand naturaliste Hervé Harant, François Fontès entre en 1969 à l’École d’Architecture Languedoc-Roussillon et à l’université Paul-Valéry section géographie urbaine et histoire de l’art. Sous la direction des professeurs Raymond Dugrand et Jean-Paul Volle, il travaille à la mise en place de l’atlas régional.
Il crée son agence d’architecture à Montpellier en 1975 et remporte depuis cette date de nombreux concours nationaux et internationaux.
Défendant une architecture contextuelle qui retisse le lien poétique de l’homme avec son environnement, son œuvre compte de nombreux bâtiments publics, notamment le Musée Agropolis et l’Hôtel de ville de Montpellier avec Jean Nouvel, de nombreux établissements d’enseignement dont le Lycée Marc-Bloch à Sérignan, la nouvelle Faculté de Médecine de Montpellier mais aussi des projets d’urbanisme basés sur l’interaction douce entre la nature et l’urbain dans le respect de l’identité culturelle des territoires.

Il conçoit également de nombreux logements collectifs sociaux, résidence Iode à Palavas, les Pierres du Viala à Prades-le-Lez… démontrant que le logement social est compatible avec la qualité architecturale.
Le Grand Prix de l’excellence européenne lui est décerné en 1990 pour le Lycée Jean-Monnet à Montpellier. Son projet innovant d’habitat évolutif a été exposé à la Biennale d’architecture de Venise en 2008.
Homme de culture, il reprend en 2009 la prestigieuse revue internationale L’Architecture d’Aujourd’hui dont il devient président et directeur de publication. En 2016, il est élu membre titulaire de l’Académie d’Architecture.

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